ファクタリングの中でも3社間による方法は、2社間同様に広く利用されています。3社間の仕組みは、利用企業、売掛先、ファクタリング会社の3社が介在することで行われ、大きな特徴として売掛先の承諾が必要になることがあります。手続きの流れとしては、売掛金の発生、3社による売掛金金額の確認後での契約締結、利用企業側への資金提供、支払期日での売掛先からファクタリング会社へ入金となります。3社間のメリットの1つに手数料が安いことがあります。
手数料に関しては取引先の信用度にもよるものの、もう1つの方法となる2社間に比べて安く、理由として、売掛先からファクタリング会社への直接入金が行われることがあります。つまり、売掛先の企業調査など信用力をしっかり把握しておけば買取額が回収できないといったリスクを回避することが可能となります。また、2社間のように一度利用企業に売掛金が入金されるわけではないために、利用企業の使い込みや倒産にも対処することができ、その分、手数料を安くすることができます。3社間による方法には難点も存在します。
大きくは、債権譲渡には取引先の承諾が必要となるために相手側に知られてしまうことがあります。知られることで生じるリスクには2つの内容があり、まず、資金繰りなど会社運営に疑問を持たれてしまうことがあります。次に、売掛先に対して持つ利用企業の信頼度が疑われることがあり、以後の取引が見直されてしまうリスクもあります。3社間の場合は、最も正攻法な方法ではあるものの十分に説明をした上で契約を締結する必要があり、担当者においては取引に支障が出ないように配慮が求められます。